Svarthalsad trast häckar i öppningar i barr- eller lövblandad skog, ofta i undervegetationen av tallarten Pinus sibirica och framför allt utmed vattendrag eller i fuktiga områden. Den häckar ensam eller i lösa kolonier från slutet av maj till slutet av juli. Boet placeras vanligen mellan en och en halv och två meter över marken. Vintertid födosöker den i stora flockar tillsammans med gråtrast, gråhalsad trast och dubbeltrast, under flyttning ofta med bruntrast. Fågel intar olika invertebrater men också bär, körsbär och frön.

Svarthalsad trast är en flyttfågel som häckar i taigaområdet häckar i Armenien och Azerbajdzjan, i Ryssland från Uralbergen och österut till Altaj, och i Xinjiang. Fågeln är en sällsynt gäst i Europa. I Sverige har den påträffats uppemot ett 50-tal gånger från Skåne till Norrbotten.

Tidigare behandlades svarthalsad trast som en underart till Turdus ruficollis med det svenska namnet taigatrast. I området där rödhalsad trast möter svarthalsad trast, i Altajregionen och utmed de nedre delarna av floden Tunguska, är hybridisering säkert konstaterad

Fågelns populationsutveckling är okänd, men utbredningsområdet är mycket stort och dess population förmodas vara detsamma. Internationella naturvårdsunionen IUCN kategoriserar därför arten som livskraftig. Världspopulationen uppskattas preliminärt till mellan 100.000 och 500.000 individer.

När svarthalsad trast och rödhalsad trast tidigare behandlades som samma art hade den det svenska namnet taigatrast.